Descartan presencia de variantes de Covid-19 del Reino Unido, Sudáfrica o Brasil en Costa Rica

Las variantes del nuevo coronavirus descritas originalmente en el Reino Unido (linaje B.1.1.7), Sudáfrica (B.1.351) y Brasil (B.1.1.28), no han sido detectados en Costa Rica.

El Laboratorio de Genómica del Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza en Nutrición y Salud (Inciensa) descartó que esas cepas aparecieran entre los 233 genomas -información genética del virus- del SARS-CoV-2 analizados entre la primera semana de marzo de 2020 -cuando apareció el primer caso en el país- y la tercera semana de enero de 2021.

"No se han detectado hasta el momento en el país", señaló este 10 de febrero la entidad en un comunicado de prensa.

Aún así, se notificaron al Centro Nacional de Enlace del Reglamento Sanitario Internacional (CNE/RSI) del Ministerio de Salud dos genomas similares a la variante GH/452R.V1 (B.1.429), identificada en California, Estados Unidos.

El estudio de laboratorio incluyó genomas de pacientes residentes de las siete provincias, con edades de entre 4 y 92 años, que se dividen en 139 hombres y 92 mujeres y dos casos en los que la boleta no especificó el sexo de la persona. Además, se incluyeron 11 muestras de defunciones asociadas a la enfermedad respiratoria. Las estructuras se recrean a partir del análisis de muestras tomadas a pacientes a los que se les hizo un hisopado.

De la secuenciación de los genomas, según el coordinador del Laboratorio de Genómica, Francisco Duarte, se determinó que el comportamiento de la enfermedad en el territorio es similar a los patrones reportados a nivel mundial.

En Costa Rica se identificaron 20 linajes de Covid-19. De estos, los más frecuentes fueron el B.1.1.63 (33,9%), el B.1. (23,2%), el B.1.291 (18,0%), el B.1.1.119 (9,4%) y el B.1.203 (5,1%). Juntos esas cinco familias del virus representan el 89% de los genomas estudiados

Durante las primeras cinco semanas se identificaron linajes asociados a pacientes que tenían antecedentes de viaje a Europa (Francia y España), América del Norte (Estados Unidos y México) y del Sur (Colombia). Posteriormente se identificó el linaje B.1.1 circuló activamente en La Cruz y Los Chiles y para junio este se identificó en seis de las siete provincias.

En cuanto a las mutaciones y la filogenia del virus, el laboratorio detectó que cada genoma poseía al menos entre tres y 33 mutaciones, al compararlo con el genoma de referencia Wuhan-Hu-1, lo que es consistente con el tiempo transcurrido desde la introducción del virus en la población humana.

Además, respecto a la variante T1117I, detectada en el país y del que casi no se tienen reportes en el extranjero, se tiene un aumento acumulado que responde, según explicó Duarte en conversación con este medio, corresponde a un incremento sostenido desde marzo.

En cuanto a los casos correspondientes a decesos, no se determinó patrón particular alguno asociado a un linaje.

De los 233 genomas analizados, 228 fueron incluidos en la Iniciativa Global para Compartir Datos sobre Influenza (Gisaid, por sus siglas en inglés).

El coordinador del Laboratorio de Genómica, recalcó que la secuenciación de los genomas del SARS-CoV-2 es clave para conocer la dinámica y la diversidad de la población viral que circula en el territorio nacional, así como la relación de las secuencias genómicas y posibles rutas de transmisión, los grupos genéticos circulantes, la identificación de marcadores genéticos relevantes y el favorecimiento al seguimiento de posibles cambios estructurales del virus.

De igual manera, permiten identificar mutaciones en las regiones genómicas utilizadas para la detección molecular del virus, contextualizar los resultados obtenidos a nivel nacional dentro del desarrollo y evolución de la pandemia a nivel global y caracterizar los virus causantes de reinfecciones.